Факультет начал свою историю с образования в 1990 году межвузовской кафедры экологии и природопользования в Ульяновском филиале МГУ. Кафедра должна была стать единой для всех вузов региона, но переговоры с их руководством не дали положительного результата, и подразделение получило статус межфакультетского. Первым сотрудником кафедры был кандидат медицинских наук, декан - организатор медицинской школы университета Тофик Биктимиров. В 1991 году кафедра экологии и природопользования вошла в состав нового медицинского факультета.
В 1994 году в связи с дефицитом в Ульяновской области специалистов-экологов приказом Госкомитета России в филиале МГУ учрежден экологический факультет для подготовки студентов по направлению "Экология". В честь этого события лесное хозяйство региона подарило вузу несколько десятков саженцев редких хвойных пород – эти деревья и сегодня украшают территорию университетского городка.
Первым деканом был назначен кандидат биологических наук доцент Юрий Котов. Факультет осуществлял подготовку по специальностям: "Экология" и "Биоэкология". В процессе формирования факультета активно участвовали профессоры Евгений Климов, Валерий Каменёк, Михаил Шустов, доценты Леонид Громов, Клим Боряев, Галина Кулагина, Дмитрий Чаевцев. В 1998 году структуру возглавил доктор биологических наук профессор Борис Чураков. Под руководством Бориса Петровича были открыты новые специальности – "Природопользование", "Лесное хозяйство", "Биология", "Почвоведение", "Химия". С 2013 года должность декана занимает кандидат биологических наук доцент Ольга Шроль.
В январе 1997 года силами студентов и преподавателей факультета был организован естественнонаучный музей. С момента открытия его бессменным директором является Глеб Успенский. Большой вклад в организацию и формирование экспозиции внес Александр Умнов. Фонды музея постоянно пополняются материалами летних полевых практик студентов.
В 1999 году при поддержке правительства России и Италии Ульяновский государственный университет стал одним из учредителей Итало-Российского института экологических исследований и образования. Соучредителями выступили университеты Палермо, Барии, Сиены, Витербо, Москвы, Перми, Казани и Ульяновска. Содиректорами были назначены профессор МГУ имени Ломоносова Валерий Сергеев и профессор университета Палермо Давиде Фаис. В 2000 году состоялась первая поездка ульяновской делегации в Италию. В рамках деятельности Итало-Российского института студенты и аспиранты экологического факультета приняли участие в работе международных школ и семинаров на базе ведущих высших учебных заведений Италии и Российской Федерации. Дважды интенсивные экологические школы проводились на базе экологического факультета Ульяновского государственного университета.
Четыре года назад по инициативе студентов организовано естественнонаучное студенческое общество, которым руководят доцент кафедры биологии, экологии и природопользования Светлана Ермолаева и старший преподаватель кафедры лесного хозяйства Юлия Лебедева. Оно стимулирует к научно-исследовательской деятельности студентов и аспирантов, содействует формированию экологической культуры. Молодые ученые выступают с докладами на международных и всероссийских научных конференциях, участвуют в семинарах, предметных студенческих олимпиадах.
При активном участии членов общества проводятся Поволжские экологические недели, проходят природные и лабораторные исследования объектов окружающей среды Ульяновска и области. Для повышения уровня научных знаний и умений начинающих исследований экологического факультета ежегодно проводится школа молодых ученых. Проект "Естественнонаучное студенческое общество УлГУ " стал лучшим в области научных достижений и удостоен региональной премии в сфере развития общественных связей "Серебряный лучник-Приволжье" в 2013 году.
Научно-исследовательская деятельность экологического факультета осуществляется на кафедрах и является неотъемлемой частью учебно-научного процесса. На факультете действуют четыре научные школы. Школу по проблеме устойчивого функционирования лесных экосистем возглавляет профессор Борис Чураков. Тему эколого-генетического мониторинга природно-антропогенных комплексов Ульяновской области ведет профессор Валерий Каменёк. Изучением механизмов действия белковых бактериальных токсинов на фитопатогенные микроорганизмы и вредителей растений и разработкой биологического метода регуляции их численности занимается профессор Людмила Каменёк.
Школой по географии и экологии лесных почв руководит профессор Владимир Горбачёв.
За двадцать лет университетские экологи опубликовали более трех тысяч научных работ, из них более четырехсот – в центральных российских и зарубежных научных журналах. Издано более 25 монографий, получено 15 патентов и свидетельств на полезные модели. На базе экологического факультета проведено более сорока конференций и семинаров, в том числе восемь международных, пятнадцать всероссийских, девять научных школ.
Чуть более десяти лет назад при факультете создан докторский диссертационный совет, в нем разрешена защита диссертаций на соискание ученой степени доктора наук по специальностям "Экология (биология)" и "Физиология". За время работы совета здесь было защищено 80 диссертаций на соискание ученой степени кандидата и двенадцать – доктора наук.
Экофак активно сотрудничает с ведущими вузами и исследовательскими центрами России – МГУ им. Ломоносова, Институтом лесоведения РАН, Белорусским технологическим университетом, Санкт-Петербургской лесотехнической академией, Новосибирским аграрным университетом, ВНИИ защиты растений и другими. Налажено взаимодействие с университетом Ахи Эвран (Турция).
Первый выпуск молодых специалистов-экологов состоялся в 1999 году. За двадцать лет факультетом подготовлено более полутора тысяч специалистов в области экологии, природопользования, лесного хозяйства, биологии и химии.
Сейчас на факультете обучаются более трехсот студентов, их подготовку осуществляют 44 преподавателя, среди которых девять профессоров докторов наук и тридцать кандидатов наук доцентов.