А.Н. Молофеев родился в 1939 г., в 1966 г. окончил Рязанский медицинский институт по специальности "лечебное дело". Работал фтизиатром в системе Брянского облздравотдела, противотуберкулезной службе Ульяновска и Ульяновской области, в том числе в должности главного врача Ульяновского областного противотуберкулезного диспансера.
За время работы в должности главного врача облтубдиспансера и главного фтизиатра области А.Н. Молофеев добился повышения эффективности и качества работы противотуберкулезной службы Ульяновской области. По основным показателям противотуберкулезной работы Ульяновская область с 1990 по 2000 г. входила в десятку лучших территорий Российской Федерации.
С 1994 г. работал в УлГУ. Организовал курс фтизиопульмонологии, разработал и внедрил учебно-методический комплекс по названной дисциплине.
В 2004 г. А.Н. Молофеев успешно защитил докторскую диссертацию в Центральном НИИ туберкулеза РАМН по теме "Современные тенденции в эпидемиологии туберкулеза", в основу которой легли его научно-практические и теоретические исследования по эпидемиологии туберкулеза и организации противотуберкулезных мероприятий в Ульяновской области.
В 2005 г. занял должность профессора кафедры факультетской терапии по курсу "Фтизиопульмонология". Принимал участие в составлении методических программ, учебных пособий для студентов, интернов и ординаторов по фтизиопульмонологии, подготовил 20 интернов и четыре клинических ординатора, опубликовал более 175 печатных работ по актуальным вопросам фтизиатрии. А.Н. Молофеев активно занимался общественной работой, являлся председателем общественного совета трудового коллектива, членом редакционного совета журнала "Вестник фтизиатрии", неоднократно избирался делегатом съездов фтизиатров России, членом правления и президиума Российского общества фтизиатров, членом секции по туберкулезу Ученого совета Министерства здравоохранения РФ.
В 1999 г. Указом Президента РФ профессору Молофееву присвоено почетное звание "Заслуженный врач Российской Федерации".